'''GRUPO DE MODELOS TEÓRICOS E COMPUTACIONAIS E LABORATÓRIO DE ESTRUTURAS CELULARES'''

Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Instituto de Física - IF
Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFRGS
PO Box 15051, 90501-970 Porto Alegre (RS), Brazil
Telephone: 55 (51) 3308-7251 - Fax: 55 (51) 3308-1762

O grupo trabalha com modelagem computacional em sistemas extensos físicos e biológicos tais como espumas, estruturas celulares e dinâmica de epidemias. Há também linhas ativas em dinâmica de informação em redes: redes metabólicas e sua evolução, redes de neurônios, redes sociais e econofísica.

=== Pesquisadores Efetivos ===

* [http://www.if.ufrgs.br/cbrito/index.html Carolina Brito]
* Daniel Stariolo
* [http://www.if.ufrgs.br/~arenzon Jeferson Arenzon]
* Gilberto de Lima Thomas
* [http://pcleon.if.ufrgs.br Leonardo Gregory Brunnet]
* [http://www.if.ufrgs.br/~idiart Marco Aurelio Pires Idiart]
* [[Rita M. C. Almeida]]
* [http://www.if.ufrgs.br/~sgonc Sebastián Gonçalves]
* Rubem Erichsen Jr
* Sérgio R. Souza

=== Colaboradores ===

* [http://www.ufsm.br/pgfisica/professor/mombach.html José Carlos Merino Mombach (UFPampa/UFSM)]
* [http://www.if.ufrgs.br/~iglesias/JRIglesias_br.html José Roberto Iglesias (IF-UFRGS)]

=== Post-Docs ===

=== Estudantes Doutorado ===

* Beatriz Mizusaki
* Gabriel Perrone
* Ismael Fortuna
* Ricardo Melo Ferreira

=== Estudantes Mestrado ===
* Alessandra Friederich Lutz
* Eduarda Susin

=== Estudantes Iniciação Científica ===

* Aline Friederich Lütz
* Cássio Kirch
* Juliano Gianlupi
* João Medeiros Dinis
* Pricilla de Oliveira Henz

=== Laboratório de Estruturas Celulares ===

Dispõe de variados equipamentos destinados a experimentos de regeneração e
motilidade celular. Desde 2004
diferentes linhagens de culturas de Hidras: normais, verdes ou geneticamente modificadas para fluorescer.
Equipamentos: microscopia
de campo claro, de contraste de fase e de fluorescência integrados a
um sistema de aquisição de dados feito no IF, estufa de CO2 para
manutenção de cultura de células, centrífuga, autoclave, banho Maria
termostático, Phgâmetro, capela de fluxo laminar bem como um sistema
de computadores para controle e análise de experimentos

== Linhas de Pesquisa ==

* [[Difusão e Armazenamento de Informação no Hipercubo: Redes Neurais e o Sistema Imunológico]]
* [[Difusão de Substâncias Químicas em Estruturas Celulares]]
* [[Dinâmica de Epidemias]]
* [[Laboratório de Estruturas Celulares]]
* [[Redes Aleatórias de Neurônios com Ruído]]
* [[Transição de vidro e propriedades de sólidos amorfos]]
* [[Segregação Celular]]

== Intercâmbio Científico ==

* [http://cabfst28.cnea.gov.ar/~statisticalphysics/ Centro Atómico Bariloche - Argentina]
* [http://www.cea.fr/ Commissariat a l'Energie Atomique, Saclay, França]
* [http://www.ufrgs.br/biociencias/ Instituto de Biociências da UFRGS, Rio Grande do Sul]
* [http://www.inf.ufrgs.br/ Instituto de Informática da UFRGS, Rio Grande do Sul]
* [http://www.lps.u-psud.fr/ Laboratoire de Physique des Solides de Orsay, França]
* [http://www.uergs.edu.br/ UERGS]
* [http://www.uff.br/ UFF]
* [http://www.ufpe.br/ufpenova/ UFPE]
* [http://www.ufpr.br/portalufpr/ UFPR]
* [http://www.nd.edu/ University of Notre Dame, USA]
* [http://www.ujf-grenoble.fr/ Université Joseph-Fourier, França]

== Softwares ==

* [http://lief.if.ufrgs.br/pub/biosoftwares/viacomplex/ Via Complex]

== Curso Cuda ==

* [http://docs.nvidia.com/cuda/ Documentação disponível]

* [http://lief.if.ufrgs.br/pub/Cuda/ Curso IF-UFRGS - 2014/1]

== Getting started ==
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Help:Configuration_settings Configuration settings list]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Help:FAQ MediaWiki FAQ]
* [http://mail.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce MediaWiki release mailing list]

Consult the [http://meta.wikimedia.org/wiki/Help:Contents User's Guide] for information on using the wiki software.

<big>'''MediaWiki instalado com sucesso.'''</big>

Consulte o [http://meta.wikimedia.org/wiki/Help:Contents Manual de Usuário] para informações de como usar o software wiki.

== Começando ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings Lista de opções de configuração]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ FAQ do MediaWiki]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce Lista de discussão com avisos de novas versões do MediaWiki]

Separação de Endoderme e Epiderme

2015-03-12T15:30:44Z

Kirch: Limpou toda a página

Separação de Endoderme e Ectoderme

2015-03-12T15:30:30Z

Kirch: Criou página com '=== Materiais === '''Procaína''' * Procaína: 1 g diluído em 100 mL de água destilada. '''Demais''' Misturam-se três soluções em mesma proporção: * 50 mL de proca...'

=== Materiais ===

'''Procaína'''

* Procaína: 1 g diluído em 100 mL de água destilada.

'''Demais'''

Misturam-se três soluções em mesma proporção:
* 50 mL de procaína
* 50 mL de HM
* 50 mL de DM

Divide-se a mistura em dois copos de Becker e ajusta-se o pH. Deixam-se ambas a 4°C.
* Solução A: pH = 4,5
* Solução B: pH = 2,5

=== Métodos ===
A temperatura do laboratório deve ser 18°C.

# As hidras devem estar em jejum por dois dias antes do experimento. Devendo ser limpas nos dias anteriores ao procedimento.
# Faça o corte das cabeças e pés das hidras.
# Lave os troncos 3 vezes em HM.
# Coloque-os por 5 minutos na solução A e 1,5 minutos (um minuto e meio) na solução B, ambas a 4°C (o controle da temperatura é muito importante).
# Transfira os troncos com cuidado para o petri com DM a 18°C.
# Dentro de poucos minutos os tecidos estarão separados (e ectoderme se contrai na forma de um anel). Usamos duas pinças para a separação - com a primeira seguramos a endoderme e com a segunda puxamos a ectoderme.
# Coloque os tecidos de ecto e de endo em tubos de ensaio com DM a 18°C. Pipete o líquido para que as forças de cisalhamento ajudem a separar as células. Deixe decantar por 1 minuto.
# Centrifugue à velocidade lenta de 1400 r.p.m. de 4 a 10 minutos.
# Leve à geladeira (4°C) por algo entre 30 e 60 minutos.
# Transfira a massa celular para o petri com DM a 18°C. Caso seja necessário, corte em tamanhos desejados.

Laboratório de Estruturas Celulares

2015-03-12T15:30:18Z

Kirch: /* Protocolos Utilizados */

== Protocolos Utilizados ==

* [[Preparo da Solução DM (Meio de Dissociação)]]
* [[Preparo da Solução HM (Meio favorável às Hidras)]]
* [[Preparo do Alimento de Hidras (Artêmias)]]
* [[Agregado Celular]]
* [[Separação de Endoderme e Ectoderme]]

== Microscopia ==

A base para a certificação dos modelos teóricos em segregação celular é também desenvolvida no laboratório de estruturas celulares do IF-UFRGS (LabCel) através de experimentos de regeneração de Hydra vulgaris. A grande capacidade de regeneração celular desta hidra permite que se observe diretamente a formação e difusão de agregados celulares. A validade do modelo de agregado médio desenvolvido no doutoramento de Carine Beatrici pode ser corroborada pela medida direta da dependência da constante de difusão com o tamanho do agregado. Associado ao trabalho de iniciação científica de Aline Luzt, foi desenvolvido um sistema automatizado de aquisição de imagens por fluorescência que, ao evitar o desbotamento, permitiu estender o tempo de experimento de apenas 1h para mais de 8h. Esse sistema é composto de uma parte pneumática de obstrução do feixe de luz de mercúrio operada por relés, ativada por uma placa Arduíno. Este último é integrado a um PC que controla através de programação Python a abertura sincronizada do feixe com a captação da imagem pela câmera fotográfica. Essa interoperabilidade foi possível porque todas as partes usam software livre (PC e câmera), hardware livre (arduíno) ou foram desenvolvidods localmente (sistema pneumático).

=== Códigos de Programas===
* [[Ajuste de ganho na câmera]]
* [[Controle do interruptor de feixe]]
* [[Led no Arduino]]

Separação de Endoderme e Epiderme

2015-03-09T20:14:42Z

Kirch: /* Métodos */

Separação de Endoderme e Epiderme

2015-03-09T20:13:47Z

Kirch: /* Materiais */

=== Materiais ===

'''Procaína'''

* Procaína: 1 g diluído em 100 mL de água destilada.

'''Demais'''

Misturam-se três soluções em mesma proporção:
* 50 mL de procaína
* 50 mL de HM
* 50 mL de DM

Divide-se a mistura em dois copos de Becker e ajusta-se o pH. Deixam-se ambas a 4°C.
* Solução A: pH = 4,5
* Solução B: pH = 2,5

=== Métodos ===
A temperatura do laboratório deve ser 18°C.

# As hidras devem estar em jejum por dois dias antes do experimento. Devendo ser limpas nos dias anteriores ao procedimento.
# Faça o corte das cabeças e pés das hidras.
# Lave os troncos 3 vezes em HM.
# Coloque-os por 5 minutos na solução A e 1,5 ''(0,5)'' minutos na solução B, ambas a 4°C (o controle da temperatura é muito importante).
# Transfira os troncos com cuidado para o petri com DM a 18°C.
# Dentro de poucos minutos os tecidos estarão separados (e ectoderme se contrai na forma de um anel). Usamos duas pinças para a separação - com a primeira seguramos a endoderme e com a segunda puxamos a ectoderme.
# Coloque os tecidos de ecto e de endo em tubos de ensaio com DM a 18°C. Pipete o líquido para que as forças de cisalhamento ajudem a separar as células. Deixe decantar por 1 minuto.
# Centrifugue à velocidade lenta de 1400 r.p.m. de 4 a 10 minutos.
# Leve à geladeira (4°C) por algo entre 30 e 60 minutos.
# Transfira a massa celular para o petri com DM a 18°C. Caso seja necessário, corte em tamanhos desejados.

Separação de Endoderme e Epiderme

2015-03-09T20:13:32Z

Kirch: /* Demais */

=== Materiais ===

'''Procaína'''
* Procaína: 1 g diluído em 100 mL de água destilada.

'''Demais'''
Misturam-se três soluções em mesma proporção:
* 50 mL de procaína
* 50 mL de HM
* 50 mL de DM

Divide-se a mistura em dois copos de Becker e ajusta-se o pH. Deixam-se ambas a 4°C.
* Solução A: pH = 4,5
* Solução B: pH = 2,5

=== Métodos ===
A temperatura do laboratório deve ser 18°C.

# As hidras devem estar em jejum por dois dias antes do experimento. Devendo ser limpas nos dias anteriores ao procedimento.
# Faça o corte das cabeças e pés das hidras.
# Lave os troncos 3 vezes em HM.
# Coloque-os por 5 minutos na solução A e 1,5 ''(0,5)'' minutos na solução B, ambas a 4°C (o controle da temperatura é muito importante).
# Transfira os troncos com cuidado para o petri com DM a 18°C.
# Dentro de poucos minutos os tecidos estarão separados (e ectoderme se contrai na forma de um anel). Usamos duas pinças para a separação - com a primeira seguramos a endoderme e com a segunda puxamos a ectoderme.
# Coloque os tecidos de ecto e de endo em tubos de ensaio com DM a 18°C. Pipete o líquido para que as forças de cisalhamento ajudem a separar as células. Deixe decantar por 1 minuto.
# Centrifugue à velocidade lenta de 1400 r.p.m. de 4 a 10 minutos.
# Leve à geladeira (4°C) por algo entre 30 e 60 minutos.
# Transfira a massa celular para o petri com DM a 18°C. Caso seja necessário, corte em tamanhos desejados.

Separação de Endoderme e Epiderme

2015-03-09T20:13:19Z

Kirch: /* Procaína */

=== Materiais ===

'''Procaína'''
* Procaína: 1 g diluído em 100 mL de água destilada.

== Demais ==
Misturam-se três soluções em mesma proporção:
* 50 mL de procaína
* 50 mL de HM
* 50 mL de DM

Divide-se a mistura em dois copos de Becker e ajusta-se o pH. Deixam-se ambas a 4°C.
* Solução A: pH = 4,5
* Solução B: pH = 2,5

=== Métodos ===
A temperatura do laboratório deve ser 18°C.

# As hidras devem estar em jejum por dois dias antes do experimento. Devendo ser limpas nos dias anteriores ao procedimento.
# Faça o corte das cabeças e pés das hidras.
# Lave os troncos 3 vezes em HM.
# Coloque-os por 5 minutos na solução A e 1,5 ''(0,5)'' minutos na solução B, ambas a 4°C (o controle da temperatura é muito importante).
# Transfira os troncos com cuidado para o petri com DM a 18°C.
# Dentro de poucos minutos os tecidos estarão separados (e ectoderme se contrai na forma de um anel). Usamos duas pinças para a separação - com a primeira seguramos a endoderme e com a segunda puxamos a ectoderme.
# Coloque os tecidos de ecto e de endo em tubos de ensaio com DM a 18°C. Pipete o líquido para que as forças de cisalhamento ajudem a separar as células. Deixe decantar por 1 minuto.
# Centrifugue à velocidade lenta de 1400 r.p.m. de 4 a 10 minutos.
# Leve à geladeira (4°C) por algo entre 30 e 60 minutos.
# Transfira a massa celular para o petri com DM a 18°C. Caso seja necessário, corte em tamanhos desejados.

Separação de Endoderme e Epiderme

2015-03-09T20:11:51Z

Kirch: /* Materiais */

=== Materiais ===

== Procaína ==
* Procaína: 1 g diluído em 100 mL de água destilada.

== Demais ==
Misturam-se três soluções em mesma proporção:
* 50 mL de procaína
* 50 mL de HM
* 50 mL de DM

Divide-se a mistura em dois copos de Becker e ajusta-se o pH. Deixam-se ambas a 4°C.
* Solução A: pH = 4,5
* Solução B: pH = 2,5

=== Métodos ===
A temperatura do laboratório deve ser 18°C.

# As hidras devem estar em jejum por dois dias antes do experimento. Devendo ser limpas nos dias anteriores ao procedimento.
# Faça o corte das cabeças e pés das hidras.
# Lave os troncos 3 vezes em HM.
# Coloque-os por 5 minutos na solução A e 1,5 ''(0,5)'' minutos na solução B, ambas a 4°C (o controle da temperatura é muito importante).
# Transfira os troncos com cuidado para o petri com DM a 18°C.
# Dentro de poucos minutos os tecidos estarão separados (e ectoderme se contrai na forma de um anel). Usamos duas pinças para a separação - com a primeira seguramos a endoderme e com a segunda puxamos a ectoderme.
# Coloque os tecidos de ecto e de endo em tubos de ensaio com DM a 18°C. Pipete o líquido para que as forças de cisalhamento ajudem a separar as células. Deixe decantar por 1 minuto.
# Centrifugue à velocidade lenta de 1400 r.p.m. de 4 a 10 minutos.
# Leve à geladeira (4°C) por algo entre 30 e 60 minutos.
# Transfira a massa celular para o petri com DM a 18°C. Caso seja necessário, corte em tamanhos desejados.

Separação de Endoderme e Epiderme

2015-03-09T19:55:01Z

Kirch: Criou página com '=== Materiais === * Procaína: 1 g diluído em 100 mL de água destilada. Misturam-se três soluções em mesma proporção: * 50 mL de procaína * 50 mL de HM * 50 mL de DM...'

=== Materiais ===

* Procaína: 1 g diluído em 100 mL de água destilada.

Misturam-se três soluções em mesma proporção:
* 50 mL de procaína
* 50 mL de HM
* 50 mL de DM

Divide-se a mistura em dois copos de Becker e ajusta-se o pH.
* Solução A: pH = 4,5
* Solução B: pH = 2,5

Laboratório de Estruturas Celulares

2015-03-09T19:50:24Z

Kirch: /* Protocolos Utilizados */

== Protocolos Utilizados ==

* [[Preparo da Solução DM (Meio de Dissociação)]]
* [[Preparo da Solução HM (Meio favorável às Hidras)]]
* [[Preparo do Alimento de Hidras (Artêmias)]]
* [[Agregado Celular]]
* [[Separação de Endoderme e Epiderme]]

== Microscopia ==

A base para a certificação dos modelos teóricos em segregação celular é também desenvolvida no laboratório de estruturas celulares do IF-UFRGS (LabCel) através de experimentos de regeneração de Hydra vulgaris. A grande capacidade de regeneração celular desta hidra permite que se observe diretamente a formação e difusão de agregados celulares. A validade do modelo de agregado médio desenvolvido no doutoramento de Carine Beatrici pode ser corroborada pela medida direta da dependência da constante de difusão com o tamanho do agregado. Associado ao trabalho de iniciação científica de Aline Luzt, foi desenvolvido um sistema automatizado de aquisição de imagens por fluorescência que, ao evitar o desbotamento, permitiu estender o tempo de experimento de apenas 1h para mais de 8h. Esse sistema é composto de uma parte pneumática de obstrução do feixe de luz de mercúrio operada por relés, ativada por uma placa Arduíno. Este último é integrado a um PC que controla através de programação Python a abertura sincronizada do feixe com a captação da imagem pela câmera fotográfica. Essa interoperabilidade foi possível porque todas as partes usam software livre (PC e câmera), hardware livre (arduíno) ou foram desenvolvidods localmente (sistema pneumático).

=== Códigos de Programas===
* [[Ajuste de ganho na câmera]]
* [[Controle do interruptor de feixe]]
* [[Led no Arduino]]

Página principal

2015-01-20T14:39:13Z

Kirch: /* Equipes e Funções no Laboratório */

'''GRUPO DE MODELOS TEÓRICOS E COMPUTACIONAIS E LABORATÓRIO DE ESTRUTURAS CELULARES'''

Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Instituto de Física - IF
Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFRGS
PO Box 15051, 90501-970 Porto Alegre (RS), Brazil
Telephone: 55 (51) 3308-7251 - Fax: 55 (51) 3308-1762

O grupo trabalha com modelagem computacional em sistemas extensos físicos e biológicos tais como espumas, estruturas celulares e dinâmica de epidemias. Há também linhas ativas em dinâmica de informação em redes: redes metabólicas e sua evolução, redes de neurônios, redes sociais e econofísica.

=== Pesquisadores Efetivos ===

* [http://www.if.ufrgs.br/cbrito/index.html Carolina Brito]
* Daniel Stariolo
* [http://www.if.ufrgs.br/~arenzon Jeferson Arenzon]
* Gilberto de Lima Thomas
* [http://pcleon.if.ufrgs.br Leonardo Gregory Brunnet]
* [http://www.if.ufrgs.br/~idiart Marco Aurelio Pires Idiart]
* [[Rita M. C. Almeida]]
* [http://www.if.ufrgs.br/~sgonc Sebastián Gonçalves]
* Rubem Erichsen Jr
* Sérgio R. Souza

=== Colaboradores ===

* [http://www.ufsm.br/pgfisica/professor/mombach.html José Carlos Merino Mombach (UFPampa/UFSM)]
* [http://www.if.ufrgs.br/~iglesias/JRIglesias_br.html José Roberto Iglesias (IF-UFRGS)]

=== Post-Docs ===

=== Estudantes Doutorado ===

* Beatriz Mizusaki
* Gabriel Perrone
* Isabela Berger
* Ismael Fortuna
* Ricardo Melo Ferreira

=== Estudantes Mestrado ===
* Alessandra Friederich Lutz
* Eduarda Susin

=== Estudantes Iniciação Científica ===

* Aline Friederich Lutz
* Cássio Kirch
* Juliano Gianlupi

=== Equipes e Funções no Laboratório ===

* Aline, Isabela - Manutenção de equipamentos.
* Jason Vicente Mejia - Cultura de células e biologia molecular e genética.

== Linhas de Pesquisa ==

* [[Difusão e Armazenamento de Informação no Hipercubo: Redes Neurais e o Sistema Imunológico]]
* [[Difusão de Substâncias Químicas em Estruturas Celulares]]
* [[Dinâmica de Epidemias]]
* [[Laboratório de Estruturas Celulares]]
* [[Redes Aleatórias de Neurônios com Ruído]]
* [[Transição de vidro e propriedades de sólidos amorfos]]
* [[Segregação Celular]]

== Intercâmbio Científico ==

* [http://cabfst28.cnea.gov.ar/~statisticalphysics/ Centro Atómico Bariloche - Argentina]
* [http://www.cea.fr/ Commissariat a l'Energie Atomique, Saclay, França]
* [http://www.ufrgs.br/biociencias/ Instituto de Biociências da UFRGS, Rio Grande do Sul]
* [http://www.inf.ufrgs.br/ Instituto de Informática da UFRGS, Rio Grande do Sul]
* [http://www.lps.u-psud.fr/ Laboratoire de Physique des Solides de Orsay, França]
* [http://www.uergs.edu.br/ UERGS]
* [http://www.uff.br/ UFF]
* [http://www.ufpe.br/ufpenova/ UFPE]
* [http://www.ufpr.br/portalufpr/ UFPR]
* [http://www.nd.edu/ University of Notre Dame, USA]
* [http://www.ujf-grenoble.fr/ Université Joseph-Fourier, França]

== Softwares ==

* [http://lief.if.ufrgs.br/pub/biosoftwares/viacomplex/ Via Complex]

== Curso Cuda ==

* [http://docs.nvidia.com/cuda/ Documentação disponível]

* [http://lief.if.ufrgs.br/pub/Cuda/ Curso IF-UFRGS - 2014/1]

== Getting started ==
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Help:Configuration_settings Configuration settings list]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Help:FAQ MediaWiki FAQ]
* [http://mail.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce MediaWiki release mailing list]

Consult the [http://meta.wikimedia.org/wiki/Help:Contents User's Guide] for information on using the wiki software.

<big>'''MediaWiki instalado com sucesso.'''</big>

Consulte o [http://meta.wikimedia.org/wiki/Help:Contents Manual de Usuário] para informações de como usar o software wiki.

== Começando ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings Lista de opções de configuração]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ FAQ do MediaWiki]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce Lista de discussão com avisos de novas versões do MediaWiki]

Agregado Celular

2015-01-19T16:40:38Z

Kirch:

*'''Alimentação'''
0h: alimente as hidras

8h: alimente as hidras

*'''Separação'''
Colete hidras sem brotos para o experimento.

24h: limpe as hidras

48h: comece o experimento

*'''Limpeza'''
Coloque as hidras num becker pequeno e adicione aproximadamente 200 mL de HW.

Faça Faça redemoinho duas vezes na água para limpá-las.

Despeje a água e repita o processo mais uma vez.

Passe as hidras para um becker maior, com 500 mL de HW limpa e coloque o becker num agitador magnético por cerca de 15 ou 30 minutos.

*'''Dissociação celular'''
Remova as cabeças e os pés da hidras.

Passe os proncos para um tubo de ensaio.

Lave os troncos três vezes em HW gelado (4°C).

Retire toda a HW.

Lave duas vezes em DM gelado (4°C).

Retire este DM e adicione 5 mL de DM limpo gelado.

Leve ao refrigerador por 20 ou 30 minutos.

Coloque os troncos numa placa de vidro de picoteie-os.

Junte o que foi picado e passe para um tubo de ensaio (se quiser aproveitar o mesmo tubo, esvazie-o primeiro para depois colocar DM limpo).

Encha o tubo até 5 mL de DM gelado (4°C).

Pipete vigorosamente até dissociar o tecido.

Coloque o tubo no gelo por 2 ou 4 minutos (para deixar os pedaços grande decantarem).

Preparar um tubo de ensaio com filtro.

Pegue o tubo que estava no gelo e sugue todo o líquido, dexando no fundo aproximandamente 1 mL.

Passe essa quantidade pelo filtro.

No tubo com aproximadamente 1 mL encha com 4 mL e pipete novamente.

Passe esse líquido pipetado no mesmo filtro.

Coloque o tubo de ensaio que recebeu todo o filtrado na centrífuga: 1500 r.p.m. (4 de centrífuga) por 7 a 10 minutos.

Deixe descansar no gelo por 20 ou 30 minutos.

Passe todo o agregado para um petry dish e corte odo tamanho desejado.

Coloque o agregado em DM (20°C).

*'''Troca de DM para HM'''
6 ou 8 horas após o agregado estar pronto, faça uma troca de todo o DM por HM.

Agregado Celular

2015-01-19T16:34:02Z

Kirch: Criou página com '*'''Alimentação''' 0h: alimente as hidras 8h: alimente as hidras *'''Separação''' Colete hidras sem brotos para o experimento. 24h: limpe as hidras 48h: comece o exper...'

Laboratório de Estruturas Celulares

2015-01-19T15:52:16Z

Kirch: /* Protocolos Utilizados */

== Protocolos Utilizados ==

* [[Preparo da Solução DM (Meio de Dissociação)]]
* [[Preparo da Solução HM (Meio favorável às Hidras)]]
* [[Preparo do Alimento de Hidras (Artêmias)]]
* [[Agregado Celular]]

== Microscopia ==

A base para a certificação dos modelos teóricos em segregação celular é também desenvolvida no laboratório de estruturas celulares do IF-UFRGS (LabCel) através de experimentos de regeneração de Hydra vulgaris. A grande capacidade de regeneração celular desta hidra permite que se observe diretamente a formação e difusão de agregados celulares. A validade do modelo de agregado médio desenvolvido no doutoramento de Carine Beatrici pode ser corroborada pela medida direta da dependência da constante de difusão com o tamanho do agregado. Associado ao trabalho de iniciação científica de Aline Luzt, foi desenvolvido um sistema automatizado de aquisição de imagens por fluorescência que, ao evitar o desbotamento, permitiu estender o tempo de experimento de apenas 1h para mais de 8h. Esse sistema é composto de uma parte pneumática de obstrução do feixe de luz de mercúrio operada por relés, ativada por uma placa Arduíno. Este último é integrado a um PC que controla através de programação Python a abertura sincronizada do feixe com a captação da imagem pela câmera fotográfica. Essa interoperabilidade foi possível porque todas as partes usam software livre (PC e câmera), hardware livre (arduíno) ou foram desenvolvidods localmente (sistema pneumático).

=== Códigos de Programas===
* [[Ajuste de ganho na câmera]]
* [[Controle do interruptor de feixe]]
* [[Led no Arduino]]

Led no Arduino

2015-01-12T20:46:23Z

Kirch:

Definir as variáveis de ambiente necessárias:
<nowiki>
export BOARD=uno
export SERIALDEV=/dev/ttyACM0
export ARDUINO_PORT=/dev/ttyACM0
export ARDUINO_DIR=/usr/share/arduino</nowiki>

Compilar e enviar para o arduino como root usando:
<nowiki>
make clean
make upload</nowiki>

A Makefile está em ~/mysketches.

Referência: http://www.deanmao.com/2012/08/10/uploading-sketches-to-the-arduino-on-the-pi/

<nowiki>
int ledPin = 12;
void setup()
{
Serial.begin(9600);
pinMode(ledPin, OUTPUT);
}

void loop()
{
int valor_recebido;
valor_recebido = Serial.read();

if(valor_recebido == '1')
{
digitalWrite(ledPin, HIGH);
Serial.println("O led conectado ao pino 12 foi ligado!");
}
if(valor_recebido == '2')
{
digitalWrite(ledPin, LOW);
Serial.println("O led conectado ao pino 12 foi desligado!");
}
}</nowiki>

Led no Arduino

2015-01-12T20:45:52Z

Kirch: Criou página com 'Definir as variáveis de ambiente necessárias: <nowiki> export BOARD=uno export SERIALDEV=/dev/ttyACM0 export ARDUINO_PORT=/dev/ttyACM0 export ARDUINO_DIR=/usr/share/arduino...'

Definir as variáveis de ambiente necessárias:
<nowiki>
export BOARD=uno
export SERIALDEV=/dev/ttyACM0
export ARDUINO_PORT=/dev/ttyACM0
export ARDUINO_DIR=/usr/share/arduino</nowiki>

Compilar e enviar para o arduino como root usando:
<nowiki>
make clean
make upload</nowiki>

A Makefile está em ~/mysketches.
Referencia: http://www.deanmao.com/2012/08/10/uploading-sketches-to-the-arduino-on-the-pi/

<nowiki>
int ledPin = 12;
void setup()
{
Serial.begin(9600);
pinMode(ledPin, OUTPUT);
}

void loop()
{
int valor_recebido;
valor_recebido = Serial.read();

if(valor_recebido == '1')
{
digitalWrite(ledPin, HIGH);
Serial.println("O led conectado ao pino 12 foi ligado!");
}
if(valor_recebido == '2')
{
digitalWrite(ledPin, LOW);
Serial.println("O led conectado ao pino 12 foi desligado!");
}
}</nowiki>

Laboratório de Estruturas Celulares

2015-01-12T20:42:53Z

Kirch: /* Códigos de Programas */

== Protocolos Utilizados ==

* [[Preparo da Solução DM (Meio de Dissociação)]]
* [[Preparo da Solução HM (Meio favorável às Hidras)]]
* [[Preparo do Alimento de Hidras (Artêmias)]]

== Microscopia ==

A base para a certificação dos modelos teóricos em segregação celular é também desenvolvida no laboratório de estruturas celulares do IF-UFRGS (LabCel) através de experimentos de regeneração de Hydra vulgaris. A grande capacidade de regeneração celular desta hidra permite que se observe diretamente a formação e difusão de agregados celulares. A validade do modelo de agregado médio desenvolvido no doutoramento de Carine Beatrici pode ser corroborada pela medida direta da dependência da constante de difusão com o tamanho do agregado. Associado ao trabalho de iniciação científica de Aline Luzt, foi desenvolvido um sistema automatizado de aquisição de imagens por fluorescência que, ao evitar o desbotamento, permitiu estender o tempo de experimento de apenas 1h para mais de 8h. Esse sistema é composto de uma parte pneumática de obstrução do feixe de luz de mercúrio operada por relés, ativada por uma placa Arduíno. Este último é integrado a um PC que controla através de programação Python a abertura sincronizada do feixe com a captação da imagem pela câmera fotográfica. Essa interoperabilidade foi possível porque todas as partes usam software livre (PC e câmera), hardware livre (arduíno) ou foram desenvolvidods localmente (sistema pneumático).

=== Códigos de Programas===
* [[Ajuste de ganho na câmera]]
* [[Controle do interruptor de feixe]]
* [[Led no Arduino]]

Laboratório de Estruturas Celulares

2015-01-12T20:42:03Z

Kirch:

== Protocolos Utilizados ==

* [[Preparo da Solução DM (Meio de Dissociação)]]
* [[Preparo da Solução HM (Meio favorável às Hidras)]]
* [[Preparo do Alimento de Hidras (Artêmias)]]

== Microscopia ==

A base para a certificação dos modelos teóricos em segregação celular é também desenvolvida no laboratório de estruturas celulares do IF-UFRGS (LabCel) através de experimentos de regeneração de Hydra vulgaris. A grande capacidade de regeneração celular desta hidra permite que se observe diretamente a formação e difusão de agregados celulares. A validade do modelo de agregado médio desenvolvido no doutoramento de Carine Beatrici pode ser corroborada pela medida direta da dependência da constante de difusão com o tamanho do agregado. Associado ao trabalho de iniciação científica de Aline Luzt, foi desenvolvido um sistema automatizado de aquisição de imagens por fluorescência que, ao evitar o desbotamento, permitiu estender o tempo de experimento de apenas 1h para mais de 8h. Esse sistema é composto de uma parte pneumática de obstrução do feixe de luz de mercúrio operada por relés, ativada por uma placa Arduíno. Este último é integrado a um PC que controla através de programação Python a abertura sincronizada do feixe com a captação da imagem pela câmera fotográfica. Essa interoperabilidade foi possível porque todas as partes usam software livre (PC e câmera), hardware livre (arduíno) ou foram desenvolvidods localmente (sistema pneumático).

=== Códigos de Programas===
* [[Ajuste de ganho na câmera]]
* [[Controle do interruptor de feixe]]

Laboratório de Estruturas Celulares

2015-01-12T18:01:53Z

Kirch: /* Códigos */

== Protocolos Utilizados ==

* [[Preparo da Solução DM (Meio de Dissociação)]]
* [[Preparo da Solução HM (Meio favorável às Hidras)]]
* [[Preparo do Alimento de Hidras (Artêmias)]]

== Microscopia ==

A base para a certificação dos modelos teóricos em segregação celular é também desenvolvida no laboratório de estruturas celulares do IF-UFRGS (LabCel) através de experimentos de regeneração de Hydra vulgaris. A grande capacidade de regeneração celular desta hidra permite que se observe diretamente a formação e difusão de agregados celulares. A validade do modelo de agregado médio desenvolvido no doutoramento de Carine Beatrici pode ser corroborada pela medida direta da dependência da constante de difusão com o tamanho do agregado. Associado ao trabalho de iniciação científica de Aline Luzt, foi desenvolvido um sistema automatizado de aquisição de imagens por fluorescência que, ao evitar o desbotamento, permitiu estender o tempo de experimento de apenas 1h para mais de 8h. Esse sistema é composto de uma parte pneumática de obstrução do feixe de luz de mercúrio operada por relés, ativada por uma placa Arduíno. Este último é integrado a um PC que controla através de programação Python a abertura sincronizada do feixe com a captação da imagem pela câmera fotográfica. Essa interoperabilidade foi possível porque todas as partes usam software livre (PC e câmera), hardware livre (arduíno) ou foram desenvolvidods localmente (sistema pneumático).

=== Códigos ===
* [[Ajuste de ganho na câmera]]
* [[Controle do interruptor de feixe]]

Abrir e fechar câmara

2015-01-12T18:01:04Z

Kirch: Kirch moveu a página Abrir e fechar câmara para Controle do interruptor de feixe

#REDIRECIONAMENTO [[Controle do interruptor de feixe]]

Controle do interruptor de feixe

2015-01-12T18:01:04Z

Kirch: Kirch moveu a página Abrir e fechar câmara para Controle do interruptor de feixe

<nowiki>
#! /usr/bin/env python
import serial
porta = '/dev/ttyACM0'
baud_rate = 9600
#OPEN="1"
#CLOSE="2"

#######################################################################

def escrever_porta(valor):

try:
Obj_porta.write(valor)

except serial.SerialException:
print"ERRO: Verifique se ha algum dispositivo conectado na porta!"

#########################################################################

def ler_porta():

try:
valor = Obj_porta.readline()
print"Arduino disse: ",valor
# Obj_porta.close()

except serial.SerialException:
print"ERRO: Verifique se ha algum dispositivo conectado na porta!"

################################ MAIN ####################################

if __name__=='__main__':

Obj_porta = serial.Serial(porta, baud_rate)
valor="2"
while(valor!="3"):
valor = (raw_input("Digite 1 para ligar o led.\nDigite 2 para desligar o led.\nDigite 3 para fechar a porta.\n"))
escrever_porta(valor)
ler_porta()

if(valor=="3"):
Obj_porta.close()
<nowiki>

Ajuste de ganho na câmera

2015-01-05T16:46:24Z

Kirch:

<nowiki>
#! /usr/bin/env python
import ueye
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy import misc
from PIL import Image
import numpy as np

a=ueye.Cam() #abre a camera
b=a.GrabImage() #captura a imagem e coloca em b
result = Image.fromarray(b)
result.save('imag2.jpg')
a.SetHardwareGain(50,-1,-1,-1) #ajusta o ganho do hardware
</nowiki>

2015-01-05T15:20:42Z

Kirch: /* Equipes e Funções no Laboratório */

'''GRUPO DE MODELOS TEÓRICOS E COMPUTACIONAIS E LABORATÓRIO DE ESTRUTURAS CELULARES'''

Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Instituto de Física - IF
Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFRGS
PO Box 15051, 90501-970 Porto Alegre (RS), Brazil
Telephone: 55 (51) 3308-7251 - Fax: 55 (51) 3308-1762

O grupo trabalha com modelagem computacional em sistemas extensos físicos e biológicos tais como espumas, estruturas celulares e dinâmica de epidemias. Há também linhas ativas em dinâmica de informação em redes: redes metabólicas e sua evolução, redes de neurônios, redes sociais e econofísica.

=== Pesquisadores Efetivos ===

* [http://www.if.ufrgs.br/cbrito/index.html Carolina Brito]
* Daniel Stariolo
* [http://www.if.ufrgs.br/~arenzon Jeferson Arenzon]
* Gilberto de Lima Thomas
* [http://pcleon.if.ufrgs.br Leonardo Gregory Brunnet]
* [http://www.if.ufrgs.br/~idiart Marco Aurelio Pires Idiart]
* [[Rita M. C. Almeida]]
* [http://www.if.ufrgs.br/~sgonc Sebastián Gonçalves]
* Rubem Erichsen Jr
* Sérgio R. Souza

=== Colaboradores ===

* [http://www.ufsm.br/pgfisica/professor/mombach.html José Carlos Merino Mombach (UFPampa/UFSM)]
* [http://www.if.ufrgs.br/~iglesias/JRIglesias_br.html José Roberto Iglesias (IF-UFRGS)]

=== Post-Docs ===

=== Estudantes Doutorado ===

* Beatriz Mizusaki
* Gabriel Perrone
* Isabela Berger
* Ismael Fortuna
* Ricardo Melo Ferreira

=== Estudantes Mestrado ===
* Alessandra Friederich Lutz
* Eduarda Susin

=== Estudantes Iniciação Científica ===

* Aline Friederich Lutz
* Cássio Kirch
* Juliano Gianlupi

=== Equipes e Funções no Laboratório ===

* Aline, Isabela - Manutenção de equipamentos.
* Jason - Autoclave e soluções , almoxarifado e estoque.

== Linhas de Pesquisa ==

* [[Difusão e Armazenamento de Informação no Hipercubo: Redes Neurais e o Sistema Imunológico]]
* [[Difusão de Substâncias Químicas em Estruturas Celulares]]
* [[Dinâmica de Epidemias]]
* [[Hydras e o Laboratório de Estruturas Celulares]]
* [[Redes Aleatórias de Neurônios com Ruído]]
* [[Transição de vidro e propriedades de sólidos amorfos]]

== Intercâmbio Científico ==

* [http://cabfst28.cnea.gov.ar/~statisticalphysics/ Centro Atómico Bariloche - Argentina]
* [http://www.cea.fr/ Commissariat a l'Energie Atomique, Saclay, França]
* [http://www.ufrgs.br/biociencias/ Instituto de Biociências da UFRGS, Rio Grande do Sul]
* [http://www.inf.ufrgs.br/ Instituto de Informática da UFRGS, Rio Grande do Sul]
* [http://www.lps.u-psud.fr/ Laboratoire de Physique des Solides de Orsay, França]
* [http://www.uergs.edu.br/ UERGS]
* [http://www.uff.br/ UFF]
* [http://www.ufpe.br/ufpenova/ UFPE]
* [http://www.ufpr.br/portalufpr/ UFPR]
* [http://www.nd.edu/ University of Notre Dame, USA]
* [http://www.ujf-grenoble.fr/ Université Joseph-Fourier, França]

== Softwares ==

* [http://lief.if.ufrgs.br/pub/biosoftwares/viacomplex/ Via Complex]

== Curso Cuda ==

* [http://docs.nvidia.com/cuda/ Documentação disponível]

* [http://lief.if.ufrgs.br/pub/Cuda/ Curso IF-UFRGS - 2014/1]

== Getting started ==
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Help:Configuration_settings Configuration settings list]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Help:FAQ MediaWiki FAQ]
* [http://mail.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce MediaWiki release mailing list]

Consult the [http://meta.wikimedia.org/wiki/Help:Contents User's Guide] for information on using the wiki software.

<big>'''MediaWiki instalado com sucesso.'''</big>

Consulte o [http://meta.wikimedia.org/wiki/Help:Contents Manual de Usuário] para informações de como usar o software wiki.

== Começando ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings Lista de opções de configuração]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ FAQ do MediaWiki]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce Lista de discussão com avisos de novas versões do MediaWiki]

Página principal

2015-01-05T15:19:54Z

Kirch: /* Estudantes Iniciação Científica */

'''GRUPO DE MODELOS TEÓRICOS E COMPUTACIONAIS E LABORATÓRIO DE ESTRUTURAS CELULARES'''

Universidade Federal do Rio Grande do Sul

Instituto de Física - IF
Universidade Federal do Rio Grande do Sul - UFRGS
PO Box 15051, 90501-970 Porto Alegre (RS), Brazil
Telephone: 55 (51) 3308-7251 - Fax: 55 (51) 3308-1762

O grupo trabalha com modelagem computacional em sistemas extensos físicos e biológicos tais como espumas, estruturas celulares e dinâmica de epidemias. Há também linhas ativas em dinâmica de informação em redes: redes metabólicas e sua evolução, redes de neurônios, redes sociais e econofísica.

=== Pesquisadores Efetivos ===

* [http://www.if.ufrgs.br/cbrito/index.html Carolina Brito]
* Daniel Stariolo
* [http://www.if.ufrgs.br/~arenzon Jeferson Arenzon]
* Gilberto de Lima Thomas
* [http://pcleon.if.ufrgs.br Leonardo Gregory Brunnet]
* [http://www.if.ufrgs.br/~idiart Marco Aurelio Pires Idiart]
* [[Rita M. C. Almeida]]
* [http://www.if.ufrgs.br/~sgonc Sebastián Gonçalves]
* Rubem Erichsen Jr
* Sérgio R. Souza

=== Colaboradores ===

* [http://www.ufsm.br/pgfisica/professor/mombach.html José Carlos Merino Mombach (UFPampa/UFSM)]
* [http://www.if.ufrgs.br/~iglesias/JRIglesias_br.html José Roberto Iglesias (IF-UFRGS)]

=== Post-Docs ===

=== Estudantes Doutorado ===

* Beatriz Mizusaki
* Gabriel Perrone
* Isabela Berger
* Ismael Fortuna
* Ricardo Melo Ferreira

=== Estudantes Mestrado ===
* Alessandra Friederich Lutz
* Eduarda Susin

=== Estudantes Iniciação Científica ===

* Aline Friederich Lutz
* Cássio Kirch
* Juliano Gianlupi

=== Equipes e Funções no Laboratório ===

* Aline, Isabela e Rodolfo - Manutenção de equipamentos.
* Jason - Autoclave e soluções , almoxarifado e estoque.

== Linhas de Pesquisa ==

* [[Difusão e Armazenamento de Informação no Hipercubo: Redes Neurais e o Sistema Imunológico]]
* [[Difusão de Substâncias Químicas em Estruturas Celulares]]
* [[Dinâmica de Epidemias]]
* [[Hydras e o Laboratório de Estruturas Celulares]]
* [[Redes Aleatórias de Neurônios com Ruído]]
* [[Transição de vidro e propriedades de sólidos amorfos]]

== Intercâmbio Científico ==

* [http://cabfst28.cnea.gov.ar/~statisticalphysics/ Centro Atómico Bariloche - Argentina]
* [http://www.cea.fr/ Commissariat a l'Energie Atomique, Saclay, França]
* [http://www.ufrgs.br/biociencias/ Instituto de Biociências da UFRGS, Rio Grande do Sul]
* [http://www.inf.ufrgs.br/ Instituto de Informática da UFRGS, Rio Grande do Sul]
* [http://www.lps.u-psud.fr/ Laboratoire de Physique des Solides de Orsay, França]
* [http://www.uergs.edu.br/ UERGS]
* [http://www.uff.br/ UFF]
* [http://www.ufpe.br/ufpenova/ UFPE]
* [http://www.ufpr.br/portalufpr/ UFPR]
* [http://www.nd.edu/ University of Notre Dame, USA]
* [http://www.ujf-grenoble.fr/ Université Joseph-Fourier, França]

== Softwares ==

* [http://lief.if.ufrgs.br/pub/biosoftwares/viacomplex/ Via Complex]

== Curso Cuda ==

* [http://docs.nvidia.com/cuda/ Documentação disponível]

* [http://lief.if.ufrgs.br/pub/Cuda/ Curso IF-UFRGS - 2014/1]

== Getting started ==
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Help:Configuration_settings Configuration settings list]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Help:FAQ MediaWiki FAQ]
* [http://mail.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce MediaWiki release mailing list]

Consult the [http://meta.wikimedia.org/wiki/Help:Contents User's Guide] for information on using the wiki software.

<big>'''MediaWiki instalado com sucesso.'''</big>

Consulte o [http://meta.wikimedia.org/wiki/Help:Contents Manual de Usuário] para informações de como usar o software wiki.

== Começando ==

* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Configuration_settings Lista de opções de configuração]
* [http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:FAQ FAQ do MediaWiki]
* [https://lists.wikimedia.org/mailman/listinfo/mediawiki-announce Lista de discussão com avisos de novas versões do MediaWiki]

Hydras e o Laboratório de Estruturas Celulares

2015-01-05T15:19:25Z

Kirch: /* 2.3.1 Modelagem de segregação celular: animóides */

== '''2.3.1 Modelagem de segregação celular: animóides''' ==

A partir da caracterização experimental da difusão celular como o mecanismo responsável pela segrega
ção por Holtfreter em 1944 (Holtfreter1944) iniciou-se a discussão sobre a natureza desta difusão. E
ntre as várias hipóteses levantadas, a “Hipótese da Adesão Diferenciada” (HAD), proposta em 1962 por
M. S. Steinberg (Steinber1962), é a mais aceita atualmente. Segundo ela, dois ingredientes básicos regulam a segregação: motilidade e diferentes graus de adesão. Ao se difundirem devido à motilidade, a
s células mais adesivas acabam formando um agregado central, com as células do tecido menos adesivo
ficando no entorno.

A simplicidade da hipótese é tentadora e levou à busca da origem da motilidade e das diferenças nas
adesividades. Experimentos recentes confirmam alguns dos postulados da HAD: medidas de tensão superfici al
em tecidos de embrião de aves (Foty1994) e a determinação da intensidade das forças de adesão entre
pares de células de ''Hydra'' (Sato1994) confirmam as magnitudes das forças necessárias para o envolvimento
dos tecidos. Além disso, várias caracterizações experimentais relacionadas com a difusão
celular foram feitas: movimento celular induzido por flutuação da membrana celular (Mombach1995), movimento
coerente de grupos de células (Rieu1998) e tempos característicos de aprisionamento diferenciados
por tecido(Rieu2000).

Esses resultados permitem-nos projetar modelagens computacionais quantitativas ou, pelo menos, semi-quantitativas.
Neste contexto, Graner e Glazier(Graner1992) introduziram as primeiras simulações usando o
modelo GGH(Glazier2006) e mostraram que a segregação pode ocorrer com as células mais adesivas sendo
envolvidas pelas menos adesivas. No entanto, esta abordagem, além de ter sido feita apenas em duas dime
nsões, não leva em consideração os movimentos coerentes de grupos de células constatados experiment
almente, ou seja, não considera interações dependentes de velocidade.

Nessa linha investigamos a dinâmica de segregação de células gerada a partir da competição entre os diversos mecanismos
constatados experimentalmente: adesão diferencial, difusão browniana e movimentos coerentes de grupos de células. As questões
aí formuladas são as seguintes: Existe universalidade associada ao processo de crescimento e segregação? Para que
conjunto de parâmetros? Há alguma escala de tempo/tamanho onde um ou outro dos mecanismos domina?

A resposta a essas perguntas passa pela construção de ferramentas de simulação e análise. De fato, todos os mecanismos
detectados experimentalmente podem ser incluídos em modelos de partículas auto-propelentes - animóides - que se tornaram
conhecidos não apenas na descrição de movimentos de grupos de animais(Vicsek1995), mas também na dinâmica de banhos de
bactérias(Wu2000,Sokolov2007), em colônias de amebas e bactérias (Benjacob1995, Rieu2005), ou ainda em grupos de células
movendo-se em um substrato, como melanócitos (Gruler1999).

Nossos trabalhos iniciam com a construção ''ab initio'' de programas, em colaboração com H. Chaté do CEA-Saclay, visand
o o estudo em duas dimensões de segregação celular em células de hidra e na construção do diagrama de fases do sistema
com dois tipos distintos de animóides (Belmonte2007, Belmonte2008). Estamos buscando as relações entre parâmetros que p
ropiciem a segregação, as escalas espaço-temporais onde ela ocorre e a existência, ou não, de universalidade no fenôme
no. A mesma busca será feita em três dimensões quando a comparação com experimentos torna-se possível. Na parte experi
mental contamos com a colaboração de J. P. Rieu da Université Claude Bernard de Lyon.

As perguntas a serem respondida são

# Como termos de interação dependentes de velocidade influenciam a segregação?
# Como se dá a evolução espaço-temporal da segregação?
# Como os resultados das simulações comparam-se com os dados experimentais?

Pesquisadores: Leonardo G. Brunnet, Gilberto Lima Thomas e Rita M.C. de Almeida

Estudantes: Carine Beatrici

Colaboradores externos: Jean Paul Rieu, Hugues Chaté

== Protocolos Utilizados ==

* [[Preparo da Solução DM (Meio de Dissociação)]]
* [[Preparo da Solução HM (Meio favorável às Hidras)]]
* [[Preparo do Alimento de Hidras (Artêmias)]]